Credo di aver riscontrato il tuo stesso problema, ad esempio tra i miei Pokémon trasferiti ho vari Tapu Koko (ben 3 per la precisione, di cui uno shiny) ma andando nel Pokedex non me lo segna come catturato. Inoltre in GTS, durante uno scambio, sebbene avessi tra i miei Pokémon sempre Tapu Koko, vicino al suo nome, in uno scambio come Pokémon desiderato dall altro giocatore, non appariva il simbolo della Poké Ball che indica che io lo posseggo. Eh sì, mi sa che iniziano i primi bug...
Per la precisione rispondevo all' utente NightNinja ma ho sbagliato a scrivere ahahah