A quanto pare per modifiche minori (Come modificare gli strumenti della borsa di item esistenti o come cambio di ball sui pokémon presenti nel box) non succede nulla, ammetto di usare anch'io il Hex sulla mia copia di Luna (Del quale lo uso su una console separata a Sole, dato che possiedo 2 console), e finora nessun provvedimento (Questione di tempo per arrivare il hammer)
Al massimo come ulteriore precauzione, una volta caricato il Salvataggio importato, per sicurezza provate a salvare il gioco dal Menù Salva, resettare (L+R+A), ricaricare il salvataggio e risalvare.