L'edit da zero è permesso, non essendoci limiti all'edit, l'importante è che il risultato finale sia di tipo acqua e che per il recolor, i colori vengano presi da un pokémon di questo tipo e non creati da te.
Sempre per il recolor, si possono utilizzare pokémon esterni (Kyogre, nel tuo esempio), purché siano di tipo acqua.
In conclusione la risposta è sì a tutte le tue domande.