Non sono sicuro al 100% (nn ho avuto ancora modo di provare) però su alcuni siti inglesi ho letto che per catturarli devi per prima cosa scovarne uno dei 3 nell'erba alta (dopo aver battuto la lega pokemon).
Troverai solo uno dei 3 nell'erba alta a seconda del tuo starter iniziale: (Articuno - Chespin), (Zapdos - Fennekin), (Moltres - Froakie).
A questo punto puoi localizzare la zona del leggendario sul pokedex in modo da poterlo rintracciare, dopo una dozzina di volte questo sarà catturabile a "sea sprint's den" (non chiedermi a cosa corrisponde il nome in italiano perchè non te lo so dire ).
EDIT: Ho trovato questo video sul tubo che può aiutare: http://www.youtube.com/watch?v=D_f-Jl74p0o