Hai capito male quel che ho scritto, mi spiego meglio: all'inizio c'era hoopa libero, poi in seguito a vari eventi il suo potere fu sigillato nella bottiglia, così come la sua capacità di viaggiare fra i varchi da lui creati. Può infatti far passare altri oggetti/pokemon/persone, ma non può passarvi lui.
Passa del tempo, e arriviamo al presente. Il potere rinchiuso nella bottiglia manipola vari umani, e alla fine cerca di possedere anche hoopa. Hoopa resiste, e così sia lui che il potere finiscono col coesistere contemporaneamente. Con questo non voglio dire quindi che libero sia solo una manifestazione del suo odio, ma che il suo potere si tramuta in esso mentre sigillato è presente, quindi sigillato non è affatto una proiezione come dici tu, ma è quel che è rimasto di hoopa dopo che il suo potere è stato sigillato.
Insomma, quel che è stato sigillato è semplicemente il suo potere, e usando il vaso tu glielo restituisci per 3 giorni nel gioco, dopo di che torna sigillato, non so se mi sono spiegato bene ora :s