In un futuro lontano lontano, kalos è minacciata dal crescente sfruttamento tecnologico. Gli umani aumentano e le città si espandono fino ad inglobare gran parte della natura.
A Zygarde, il guardiano dell'ecosistema, resta quindi una sola carta da giocare: rapire il marmocchio della profezia, colui che è destinato a ripristinare l'equilibrio.